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Notes-Datenbanken sind nichtrelationale Datenbanken. Sie folgen einem Dokument- und nicht einem Datensatzmodell. Dokumente können eine hierarchische Beziehung zueinander haben (Main – Response – ResponseToResponse). Relationen werden in Notes-Datenbanken programmatisch hergestellt, wobei eine übliche Methode die Verwendung der @DocumentUniqueID ist, die auch für die hierarchische Verbindung Verwendung findet. Felder können Mehrfachwerte enthalten, was einer Master-Detail-Tabelle in einem RDBMS entspricht. Andere Systeme mit Mehrfachwerten sind zum Beispiel FileMaker oder Adabas.
Notes speichert auch alle Designelemente in Notes-Dokumenten. Während das bei RDBMS für das Datenschema und die Ansichten ebenso üblich ist, speichert Notes auch Masken (forms) und Ressourcen (css, jpg, java etc.). Alle Designelemente sind signiert und erlauben so eine feingliedrige Ausführungskontrolle.
Notes-Dokumente sind nicht an Datenbanktabellen gebunden. Somit können Notes-Dokumente beliebige Felder enthalten. Eine Änderung am Masken- oder Ansichtenlayout hat keine Auswirkung auf gespeicherte Daten. IBM QuickPlace verwendet zum Beispiel Notes-Datenbanken ohne Notes-Frontend (das heißt keine Masken).
Notes-Ansichten (views) haben einen physikalischen Index (Views in RDBMS sind normalerweise „nur“ Abfragedefinitionen ohne Index). Dies hat den Vorteil des schnellen
Zugriffs und den Nachteil des Ressourcen- (Index task) und Platzverbrauchs.
Seit Version 7 von Lotus Notes hat IBM die Unterstützung von IBM DB/2 als Speichermedium für Notes-Datenbanken implementiert, das es erlaubt relationale Sichten aus
DB/2 wie Notes-Ansichten (und umgekehrt) zu nutzen.
Eine weitere Besonderheit ist die Unterstützung von RichText als Feldtyp. Hier können formatierter Text, Dateianhänge oder eingebettete Objekte (Bilder, OLE-Objekte) gespeichert werden.
Notes-Dokumente und Designelemente lassen sich mit Bordmitteln von/nach XML konvertieren, welches einem von IBM als DTD-Schema veröffentlichten Standard entspricht (DXL).
Zwischen zwei Rechnern werden ausschließlich Datenbanken repliziert, die dieselbe Replik-ID haben (die anderen Identifikationsmerkmale Datenbanktitel und Dateiname spielen hier keine Rolle) – was zum Beispiel den angenehmen Nebeneffekt hat, dass ein Domino-Server-Administrator die Datenbanken beliebig in Unterverzeichnisse verschieben kann, ohne dass die Replikationsfähigkeit beeinträchtigt wird. Die Pfadangabe für die Datenbank muss in den Verbindungsdokumenten, die für die periodische automatische Replikation eingerichtet werden, nur für den Quellserver geändert werden; die Pfade der Zielserver sind jeweils unerheblich.
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